Coin du VETO : Mars 2010   B.N. 136 
Dr Vétérinaire Etienne Schepkens de Bruay la Buissière (62700)

Mise en page : Jordy Hembert (Gpt de Calais)

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Les analyses préventives avant la période de concours

La plupart des analyses de contrôle réalisées sur des pigeons apparemment sains avant la période de concours sont des analyses réalisées au cabinet lors de la consultation des pigeons et portent sur les frottis de gorge et jabot avec la recherche de Trichomonas (nombre, forme, mobilité) et les analyses de fientes avec essentiellement la recherche de parasites ( coccidiose , ascaridiose , capillariose), une consultation des pigeons apportés est aussi réalisée et on juge l’état général l’état du plumage avec recherche de parasites , l’embonpoint , la croissance chez les jeunes, les articulations, la musculature, le colombophile est aussi interrogé sur les problèmes rencontrés et une mise au point de l’état vaccinal de la colonie avec conseils est réalisée. Enfin, selon l’état des pigeons , un plan de jeu est proposé basé sur le type de jeu du colombophile et sa sélection de concours.

Des analyses plus approfondies me sont de plus en plus demandées non seulement pour des colonies qui ont eu des problèmes les années précédentes mais aussi pour des colombophiles éloignés géographiquement qui ne peuvent pas se déplacer souvent et encore pour des clients recherchant des contrôles plus poussés. Se pose alors le problème de la réalisation d’analyses « préventives » sur des sujets sains vivant en groupe. Je vais ici faire un bilan des analyses qui peuvent selon moi être réalisées le plus économiquement et le plus honnêtement possible de manière à ne pas faire réaliser des analyses inutiles. Pour le cas qui nous concerne, toutes les analyses hématologiques et biochimiques sont inutiles car elles ne révèlent que l’état du pigeon prélevé et ne peuvent donc pas être extrapolées à tout le pigeonnier.

Recherche de virus.

La recherche de virus ne sera dans notre cas utile que pour le circovirus qui sera recherché sur un animal vivant sur écouvillon cloacal par PCR (à noter que la recherche sur organe après autopsie est plus fiable d’après Dr JP Duchatel) . PCR est l’abréviation de l’expression anglaise Polymerase Chain Reaction ou Réaction en Chaine par Polymérase .

À partir d’un échantillon complexe et peu abondant ( par exemple dans notre cas un écouvillon cloacal), cette technique permet d’obtenir rapidement une quantité importante et exploitable d’un segment précis d’ADN (par exemple dans notre cas le circovirus).

Recherche de bactéries

La recherche de bactéries se fait essentiellement sur écouvillon oro- pharyngé ou trachéal pour les germes respiratoires et sur fientes pour les salmonelles . Une recherche bactériologique classique associe mise en culture, isolement, identification et antibiogramme éventuel..

Sauf pour certaines recherches spéciales qui nous concernent peu dans ces analyses préventives, un milieu de culture standard est choisi par le laboratoire; un laboratoire habitué à traiter les prélèvements aviaires ne va identifier que les germes pouvant être dangereux

ordi Un antibiogramme permettra de connaître la sensibilité de la bactérie aux antibiotiques et d’élaborer un traitement. Pour les germes difficilement cultivables ou isolables ou qui sont présent en quantité très faible, on peut employer la PCR . En pratique, je fais réaliser une PCR uniquement pour Chlamydophila Psittaci , Salmonella Typhimurium et les Mycoplasmes et lorsque je suspecte fortement ces maladies alors qu’une recherche bactériologique classique s’est avérée négative.

Les inconvénients de ces deux techniques de recherche sont pour la recherche classique la nécessité de prélever au bon endroit et d’orienter le laboratoire vers une recherche générale avec un choix de milieu de culture qui peut défavoriser la pousse de germes moins souvent recherchés (pex les mycoplasmes), en ce qui concerne la PCR, celle-ci est spécifique d’un germe donné et l’on doit donc demander au laboratoire ce que l’on recherche.

Une autre technique pourra bientôt être utilisée en médecine colombophile pour les analyses préventives, c’est la recherche de germes par Carte Optique du génome . Cette technique permet d’identifier les organismes inconnus dans un mélange de culture ou un produit vivant à la différence des techniques PCR actuelles qui ne trouvent que ce qui est recherché.

Voici les explications du laboratoire concernant ces cartes optiques. « La technologie des cartes optiques a été développée outre-atlantique depuis plusieurs années par OpGen. Distribuée en France par Phylogene, elle consiste en la réalisation d’une cartographie complète de l’ADN des génomes bactériens ou fongiques.

Ce principe pourrait bientôt être utilisé en routine dans les laboratoires de microbiologie alimentaire, grâce à l’automatisation du protocole de préparation des échantillons et de l’analyse. Celle-ci pourrait réduire le délai d’analyse à seulement deux heures.

Pour réaliser la carte optique d’un microorganisme, l’ADN est allongé, coupé par une enzyme de restriction, révélé par fluorescence puis mesuré. Le logiciel mesure chaque séquence de bases azotées et construit la carte optique, sorte de «code barre génétique». «On obtient pour chaque microorganisme une cartographie unique qui signe la souche dont il est issu », précise Gilbert Skorski, p-dg de Phylogene.

Le logiciel développé par OpGen peut aussi venir se connecter à la banque mondiale de gènes Nucléotide (anciennement GenBank) pour comparer les souches entre elles. « Par exemple, si l’on observe une insertion sur l’un des brins d’ADN, on peut d’un simple clic vérifier immédiatement s’il s’agit d’une souche de référence déjà répertoriée », souligne Gilbert Skorski.

En agroalimentaire, les applications de cette méthode sont multiples : séquençage de probiotiques, qualification de souches technologiques, traçabilité, loupe sur l’évolution génomique. L’outil pourrait aussi aider à définir l’origine d’une contamination, détecter le transfert de résistance à des antibiotiques ou mettre en évidence une attaque de bactériophages sur des flores technologiques.

Pour le moment, Phylogene propose un service de prestation dont la principale limite réside dans le délai (environ trois semaines) pour obtenir une carte optique. « Notre objectif d’ici deux ou trois ans est d’industrialiser ce procédé d’alimentation des cartes optiques afin d’intégrer cette technique directement au sein des laboratoires d’analyses.

Pour cela, nous travaillons au développement de systèmes microfluidiques simples de séparation des ADN dans des microcanaux ». A terme, Phylogene vise une automatisation de l’analyse en seulement deux heures. »

Recherche de champignons.

En ce qui concerne les champignons, je fais rechercher essentiellement Candida et Aspergillus ; la recherche de Cryptococcus est envisagée si la maladie a tendance à se développer .

Ici encore, autant la recherche de champignons lors de manifestations cliniques dans le pigeonnier est aisée car basée sur des prélèvements sur autopsie, autant les prélèvements sur un organisme sain sont difficiles. Il n’y a pas trop de problèmes pour Candida qui peut se trouver dans les frottis de gorge, Aspergillus par contre nécessite au moins un lavage trachéo-bronchique ou de sac aérien réalisable uniquement sous anesthésie.

Pour Aspergillus, on sera donc obligé de faire appel à d’autres techniques tels que des tests antigéniques humains sur sang dont je ne connais pas le fiabilité en pratique aviaire, PCR sur sang ( à l’étude à l’Ecole Vétérinaire d’Alfort) ou encore Carte Optique dont j’ai parlé précédemment. La sérologie sur anticorps pour Aspergillus ne serait pas totalement fiable car les anticorps ne seraient pas présents au début de la maladie et ne subsisteraient que pendant deux à trois semaines .

En conclusion, une recherche de germes préventivement est possible mais se heurte pour certains germes à des difficultés techniques qui pourront avec le temps être résolues grâce à l’emploi de nouvelles technologies que l’on pourra adapter à la médecine colombophile pour autant que celles-ci soient largement diffusées les rendant ainsi accessibles pour un budget raisonnable. Je vous souhaite à tous un bon début de saison et beaucoup de plaisir avec vos pigeons.

 

 

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